员工在写完辞职申请后，并不能直接离职，而是需要遵循一定的法律程序和公司规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、法律程序

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工离职需提前通知用人单位，具体通知期限如下：

1. 试用期员工：需提前三日通知用人单位。
2. 正式员工：需提前三十日以书面形式通知用人单位。

这是法律为保障用人单位正常运营而设定的合理安排。若员工未履行这一法定通知义务，可能会给用人单位带来损失，如影响生产、产生额外招聘成本等，并因此承担赔偿责任。

二、公司规定

除了法律程序外，员工还需遵循公司内部的离职流程。这通常包括提交辞职申请、等待审批、完成工作交接、财务结算以及归还公司财物等步骤。与公司保持良好的沟通，并按照公司规定来离职，是避免法律纠纷和经济损失的关键。

三、特殊情况

在某些特定情况下，如用人单位存在严重违法行为（如未提供劳动保护、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等），员工可以依据《劳动合同法》的相关规定，即时解除劳动合同，无需提前通知用人单位，并且用人单位还需向员工支付经济补偿。但这种情况下，员工应保留相关证据，并及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。

四、操作建议

1. 提前通知：员工在提交辞职申请后，应耐心等待法定的通知期限届满，并与公司相关部门或人员沟通离职事宜。
2. 办理离职手续：在离职过程中，积极配合公司完成工作交接、财务结算等手续，确保离职过程的顺畅和合法。
3. 保留证据：如遇用人单位存在违法行为导致需要即时解除劳动合同的情况，员工应保留相关证据，以备不时之需。

综上所述，员工在写完辞职申请后并不能直接离职，而是需要遵循法律程序和公司规定，确保离职过程的合法合规。