工伤认定劳动关系确认主体错误通常不应扣除时效。以下是对此问题的详细分析：

1. 时效制度的目的：工伤认定申请时效是为了督促权利人及时行使权利，确保工伤认定的及时性和有效性。如果因为申请主体错误而扣除时效，可能会违背这一制度设计的初衷。

2. 法定时效中断情形：根据相关规定，时效中断的情形通常包括不可抗力、人身自由受限制、用人单位原因、登记制度不完善、对劳动关系申请仲裁或诉讼等。申请主体错误并不属于这些法定时效中断情形之一。

3. 实际案例：以实际案例为例，如果小许在工作中受伤，但其朋友小李以自己名义为小许申请工伤认定，工伤认定部门以申请主体错误为由未受理该申请。在这种情况下，仅因申请主体错误，并不能导致时效中断。小许应按规定由正确主体（即自己）在时效内申请工伤认定。

4. 法律建议：为避免因申请主体错误而错过时效，建议权利人在申请工伤认定前，务必确认自己的申请主体资格，并严格按照规定程序进行申请。如果确实存在申请主体错误的情况，应尽快由正确主体重新提出申请，以确保自己的权益得到及时保障。

综上所述，工伤认定劳动关系确认主体错误通常不应扣除时效。权利人应严格按照规定程序进行申请，并确保申请主体的正确性，以维护自己的合法权益。