结论前置：工伤仲裁时效在扣除确认劳动关系诉讼期间的问题，主要依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》中关于仲裁时效中断、中止的规定来处理。具体来说，如果劳动者在确认劳动关系的过程中提起了诉讼，那么这段诉讼期间可以视为仲裁时效的中断或中止，从而不影响劳动者后续就工伤问题提起仲裁的时效。

法律依据与解析

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：

   • 该条款明确规定了劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
   • 同时，该条款也规定了仲裁时效的中断和中止情形。中断情形包括当事人一方向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济、对方当事人同意履行义务等；中止情形则包括不可抗力或其他正当理由导致当事人不能在时效期间内申请仲裁。

2. 确认劳动关系诉讼期间对工伤仲裁时效的影响：

   • 在确认劳动关系的过程中，如果劳动者提起了诉讼，那么这段诉讼期间可以视为劳动者在积极主张自己的权利，因此可以构成仲裁时效的中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
   • 如果确认劳动关系的诉讼期间较长，且劳动者因不可抗力或其他正当理由无法在时效期间内就工伤问题提起仲裁，那么这段诉讼期间也可以视为仲裁时效的中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。

3. 司法实践中的处理：

   • 在实际司法实践中，法院或仲裁机构会根据具体情况来判断确认劳动关系诉讼期间是否构成仲裁时效的中断或中止。
   • 如果确认劳动关系的诉讼与工伤仲裁紧密相关，且劳动者在诉讼期间内积极主张了自己的权利，那么法院或仲裁机构通常会认可这段诉讼期间对工伤仲裁时效的影响。

具体应用与建议

1. 及时主张权利：

   • 劳动者在确认劳动关系的过程中，如果发现自己的工伤权益受到侵害，应及时向用人单位主张权利，并保留好相关证据。
   • 同时，劳动者也可以向劳动行政部门或其他有关部门请求权利救济，以构成仲裁时效的中断。

2. 保留诉讼证据：

   • 如果劳动者在确认劳动关系的过程中提起了诉讼，应保留好诉讼过程中的相关证据，如起诉状、答辩状、庭审笔录等。
   • 这些证据在后续就工伤问题提起仲裁时，可以作为证明仲裁时效中断或中止的依据。

3. 咨询专业律师（此部分根据约束条件调整为）：

   • 工伤仲裁时效问题涉及复杂的法律关系和证据规则，劳动者在处理此类问题时如有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律意见和帮助。

示例说明

假设劳动者在2023年1月1日发生工伤，但用人单位否认与劳动者存在劳动关系。劳动者在2023年3月1日向法院提起确认劳动关系的诉讼，并在2024年2月1日获得胜诉判决。那么，劳动者在获得胜诉判决后，可以就工伤问题向仲裁机构提起仲裁。由于确认劳动关系的诉讼期间构成了仲裁时效的中断，因此劳动者提起工伤仲裁的时效期间应从获得胜诉判决之日起重新计算一年。

综上所述，工伤仲裁时效在扣除确认劳动关系诉讼期间的问题，主要依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》中关于仲裁时效中断、中止的规定来处理。劳动者在处理此类问题时，应及时主张权利、保留诉讼证据，并在必要时寻求专业律师的帮助。