不能用未交清出让金土地上的建筑物来抵顶土地出让金，这样的做法不合法。

首先，从法律性质上讲，土地出让金是土地使用者向国家支付的一定年限内土地使用权的有偿使用费用，而土地上的建筑物则是土地使用者在该土地上建设的固定资产。两者在法律上是独立的财产权益，不能相互抵顶。

其次，土地出让金的支付是土地使用者取得土地使用权的法定条件之一。如果土地使用者未按时支付土地出让金，根据相关法律法规，国家有权解除土地使用权出让合同，收回土地使用权，并要求土地使用者承担违约责任。因此，用土地上的建筑物来抵顶土地出让金，并不能免除土地使用者支付土地出让金的法定义务。

最后，从实际操作上看，用土地上的建筑物来抵顶土地出让金也存在诸多困难。例如，建筑物的价值评估、产权转移、税费缴纳等问题都需要妥善处理，否则可能会引发更多的法律纠纷和争议。

综上所述，土地出让金不能用未交清出让金土地上的建筑物来抵顶，这样的做法不仅不合法，而且也不符合实际操作的要求。建议土地使用者按照法律法规的规定，按时支付土地出让金，以确保自己的合法权益。