员工合同不可以随意改成合作协议。两者有本质区别，法律适用和权益保障差异大，具体分析如下：
本质区别：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，受《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规调整，用人单位需承担诸多法定义务，如支付工资、缴纳社保、提供劳动保护等，劳动者享有法定权益，受法律全面保护。
- 合作协议通常是平等主体之间就合作事项达成的约定，适用于《合同法》等民事法律。各方主要依据协议约定履行义务和享有权利，不存在劳动关系中的管理与被管理关系，也没有用人单位对劳动者的法定保障义务。
法律后果：
- 若将劳动合同签成合作协议，劳动者可能面临权益受损风险，例如无法享受社保待遇、难以获得加班工资、在解除关系时缺少法定补偿等。
- 若发生纠纷，由于缺乏劳动关系证据，劳动者维权可能会陷入困境。
因此，应根据实际用工情况签订恰当的合同，以保障双方的合法权益。如你有进一步的法律问题或需要具体的合同审查与修改建议，可直接向我咨询。