在擅自占用林地案件中，关于建设单位与实际施工单位应该处罚谁的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

1. 法律责任主体：

   • 建设单位作为项目的发起者和组织者，对项目的合法性和合规性负有主要责任。如果建设单位未依法办理征占用林地手续，而擅自指令或默许施工单位进行非法开垦，那么建设单位应当承担相应的法律责任。
   • 实际施工单位作为直接执行者，如果明知或应知未办理相关手续而擅自开垦林地，同样应当承担法律责任。施工单位有义务审查建设项目的合法性，并拒绝执行非法指令。

2. 处罚依据：

   • 根据《中华人民共和国森林法》及相关实施条例，擅自开垦林地、毁坏林木的行为是违法的，将受到法律的制裁。
   • 处罚的具体依据包括《中华人民共和国森林法》第39条第1款关于禁止毁林开垦的规定，以及《中华人民共和国森林法实施条例》第41条第2款关于擅自开垦林地处罚的规定。

3. 处罚对象：

   • 在实践中，林业主管部门会根据具体情况，对建设单位和实际施工单位进行处罚。如果建设单位是违法行为的主导者，将主要对建设单位进行处罚；如果施工单位明知故犯，也将受到相应的处罚。
   • 处罚措施可能包括责令停止违法行为、限期恢复原状、罚款等。具体处罚措施和力度会根据违法行为的严重程度、造成的损害后果以及违法者的主观恶意等因素综合考虑。

综上所述，在擅自占用林地案件中，建设单位和实际施工单位都有可能成为处罚对象。建设单位作为项目的主导者，应确保项目的合法性和合规性；施工单位作为执行者，应审查建设项目的合法性并拒绝执行非法指令。如果发生违法行为，林业主管部门将依法对责任主体进行处罚。因此，无论是建设单位还是施工单位，都应严格遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。