公司在员工怀孕期间降薪是不合法的。
法律依据与分析：
根据《中华人民共和国妇女权益保障法》第二十七条以及《女职工劳动保护特别规定》第五条，明确规定了任何单位不得因结婚、怀孕、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资、予以辞退或与其解除劳动（聘用）合同。这些法律条款旨在保护女职工在特殊生理时期的合法权益，确保她们不会因生育行为而遭受经济上的不合理损失。
法律之所以作出这样的规定，是因为怀孕是女职工的一个特殊生理时期，需要得到特别的照顾和保护。用人单位应当遵守相关法律法规，给予女职工应有的待遇和尊重，而不得擅自降低其工资。
特殊情况分析：
虽然法律规定了不得降低怀孕女职工的工资，但也存在一些特殊情况。如果用人单位能够证明女职工在怀孕期间不能胜任原工作岗位，并且经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任工作，那么根据公司合法有效的规章制度进行合理的岗位和工资调整可能是被允许的。然而，这种情况下，用人单位需要承担严格的举证责任，证明降薪行为的合法性和合理性。
应对措施建议：
协商沟通：女职工遇到公司在孕期降工资的情况，首先可以尝试与公司进行协商沟通，要求公司恢复工资待遇。这是解决纠纷的一种温和且有效的方式。
法律途径：若协商不成，女职工可以依法向当地的劳动监察部门投诉、举报或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，建议咨询专业的法律人士以获取更具体的法律指导和支持。
综上所述，公司在员工怀孕期间擅自降低其工资是不合法的行为，除非存在特殊情况并经过严格的举证程序。女职工应当了解自己的合法权益，并在遭遇此类问题时采取适当的措施来维护自己的利益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。