结论前置：协议中约定未按时还款，所归还的款项属于违约金且不予扣除本金，这样的约定在一定条件下是合法的，但具体是否合法还需根据协议的具体内容、违约金的数额是否合理以及是否符合相关法律法规的规定来判断。

分析说明：

1. 合同约定与意思自治：

   • 根据合同法的原则，合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方均具备相应的民事行为能力，那么合同就是有效的。
   • 因此，如果协议中明确约定了未按时还款时，所归还的款项属于违约金且不予扣除本金，且这一约定是双方真实、自愿的意思表示，那么这一约定在合同法的框架下是合法的。

2. 违约金的合理性：

   • 然而，违约金的数额并不是随意约定的，它应当具有合理性。根据《民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
   • 因此，如果协议中约定的违约金数额过高，远超出实际损失，那么这一约定可能会被视为不合理，从而在法律上受到调整。

3. 法律法规的约束：

   • 除了合同法的原则外，还需要考虑其他相关法律法规的约束。例如，如果协议涉及的是金融借款等特定领域，那么还需要遵守该领域的法律法规和监管要求。
   • 在某些情况下，法律法规可能会对违约金的数额、计算方式等作出具体规定，这时就需要按照法律法规的要求来执行。

综上所述：协议中约定未按时还款时，所归还的款项属于违约金且不予扣除本金，这样的约定在符合合同法的原则、违约金的数额合理且符合相关法律法规的规定时，是合法的。但如果违约金的数额过高或违反了相关法律法规的规定，那么这一约定可能会在法律上受到调整。因此，在签订协议时，建议双方充分协商、明确约定，并确保协议内容符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。