员工上班违反公司制度，公司一般不能直接不发员工的工资，但可以根据具体情况扣除部分工资。下面我为您详细解释：

1. 公司规章制度的合法性：

   • 若公司的规章制度中明确规定了违反某项规定将扣除相应工资，并且该规定在制定程序上合法合规，不违反法律法规，那么当员工出现此类违规行为时，公司可以依据此规定扣除其工资。
   • 但如果公司的规章制度不合理、不合法或者未按照法定程序制定，那么公司扣除工资的行为可能就不被法律支持。

2. 扣除工资的限制：

   • 根据我国相关法律的规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
   • 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

3. 特殊情况：

   • 如果员工的违规行为特别严重，如给公司造成了重大经济损失或严重影响了公司的正常运营，公司有权根据劳动合同的约定或相关法律法规解除劳动合同，并在此基础上要求员工赔偿损失。

综上所述，员工上班违反公司制度时，公司不能直接不发工资，但可以根据规章制度的约定和法律法规的规定，在合法合规的前提下扣除部分工资作为处罚。如果您在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。