非法进入水上水下安全作业区，根据《中华人民共和国水上水下活动通航安全管理规定》的相关规定，海事管理机构有权责令改正此类违法行为。如果拒不改正，海事管理机构将进一步责令其停止作业。这一规定是为了确保水上水下活动的安全，防止因未采取适当的安全和防污染措施而导致的安全事故或环境污染。

在处理此类违法行为时，交通运输局作为责任主体，将承担一系列责任，包括调查责任、立案责任、审查责任、告知责任、决策责任、决定责任、送达责任以及执行责任。这些责任确保了违法行为的查处过程公正、合法，并保护了当事人的合法权益。

具体来说，当发现或接到举报有非法进入水上水下安全作业区的行为时，交通运输执法人员将进行初步调查，并收集、调取证据。如果初步调查认为存在违法行为，将立案并进一步调查。在审查阶段，将对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。

在作出处理决定前，会制作相关法律文书，如《违法行为通知书》、《责令改正通知书》等，书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。最终，根据审理情况，将决定是否给予行政处罚，并制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等内容。

此外，如果海事管理机构工作人员在履行职责过程中存在滥用职权、徇私舞弊、玩忽职守等行为，将依法给予行政处分；构成犯罪的，还将由司法机关依法追究刑事责任。

综上所述，非法进入水上水下安全作业区将受到海事管理机构的责令改正和可能的停止作业处罚。同时，整个查处过程将严格遵循法定程序，确保公正、合法。