和虚开发票的公司有资金来往并不一定违法，但存在很高的法律风险。这需要根据具体情况进行分析：
一. 资金来往的合法性取决于交易背景
基于真实业务的资金来往：如果两个公司之间的资金来往是基于真实的业务交易，如正常的商品买卖、服务提供等，并且交易过程符合相关法律法规的规定，那么这种资金来往是合法的。例如，A公司向B公司采购商品，并支付了相应的款项，B公司开具了真实的发票，这种交易就是合法的。
无业务背景下的资金来往：如果两个公司之间没有实际的业务往来，而是通过虚构交易、虚假合同等方式进行资金转移，那么这种资金来往就可能构成违法。特别是当其中一方公司存在虚开发票的行为时，另一方公司如果明知或应知这一情况仍与其进行资金来往，就可能涉嫌参与虚开发票等违法行为。
二. 虚开发票的法律后果
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的行为是违法的。这包括为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开以及介绍他人虚开等行为。对于虚开发票的行为，根据情节的严重性，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。
行政责任：除了刑事责任外，虚开发票的行为还可能受到行政处罚。根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关规定，税务机关可以对虚开发票的行为进行罚款、没收违法所得等行政处罚。
三. 资金来往中的法律风险
税务风险：如果与虚开发票的公司有资金来往，可能面临税务稽查的风险。税务机关有权对企业的纳税情况进行检查，如果发现存在虚开发票等违法行为，将依法进行处罚。
声誉风险：与虚开发票的公司有资金来往还可能对企业的商业信誉造成负面影响。一旦这种行为被曝光，企业的声誉将受到严重损害，可能影响其长期发展。
四. 建议与措施
加强尽职调查：在与新公司开展业务合作前，应进行充分的尽职调查，了解其经营状况、信用记录等信息，避免与存在虚开发票等违法行为的公司合作。
规范交易流程：在交易过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保交易的真实性和合法性。同时，应保留好交易过程中的相关证据，以便在出现纠纷时能够证明自己的清白。
咨询专业律师：如果对于与虚开发票的公司有资金来往是否违法存在疑问，可以咨询专业律师的意见，以便更好地了解法律风险并采取相应的防范措施。
我的观点是，与虚开发票的公司有资金来往存在很高的法律风险，企业应谨慎对待并加强风险防控措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。