当运输合同的甲方违约并造成乙方车辆停运时，乙方可以采取以下措施来维护自己的权益：

首先，乙方有权要求甲方承担继续履行的责任。这意味着，如果甲方的违约行为是未按照合同约定运输货物到指定地点，且客观条件允许，乙方可以要求甲方继续完成运输任务，以确保合同目的的实现。

其次，乙方可以要求甲方赔偿因违约造成的损失。这包括直接损失和间接损失两部分。直接损失可能涉及因甲方违约导致的货物损坏、车辆停运期间的运营损失等，乙方可以要求甲方赔偿这些实际发生的损失。间接损失则可能包括因货物未按时运输到目的地而导致的乙方对第三方的违约赔偿、商业机会丧失等，这些损失在可预见的范围内，乙方同样有权要求甲方赔偿。

此外，如果运输合同中明确约定了违约金条款，乙方还可以按照合同约定要求甲方支付违约金。违约金的数额应根据合同约定确定，但如果约定的违约金过高或过低，双方可以请求法院或仲裁机构予以适当调整，以确保违约金的合理性。

在处理此类违约事件时，乙方应及时收集并保存相关证据，如合同文本、运输过程中的相关单据、货物损坏情况的证明以及车辆停运期间的运营记录等。这些证据将有助于乙方在协商或诉讼过程中证明自己的权益和损失。

最后，如果双方无法就违约事宜达成协商，乙方可以通过法律途径维护自己的权益。根据合同性质、违约情况以及损害结果等因素，乙方可以向有管辖权的法院提起诉讼，要求法院判决甲方承担违约责任，并赔偿相应的损失。在诉讼过程中，乙方应充分举证并阐述自己的诉求，以确保法院能够做出公正合理的判决。