当在起诉期间对方还清了款项，你需要按照以下步骤来处理：
一、保留还款证据
首先，确保你保留了对方还款的所有相关证据。这些证据包括但不限于转账记录、收据、聊天记录等，它们能够证明对方已经履行了还款义务。这些证据在后续与法院沟通以及可能的其他法律程序中都将起到关键作用。
二、及时与法院沟通
接下来，你应当立即与受理起诉的法院取得联系，告知法院对方已经还款的事实。你可以通过电话、邮件或者亲自前往法院的方式与法院沟通。在与法院沟通时，务必提供详细的还款情况说明，并附上相关证据材料。
三、等待法院决定
法院在收到你的通知后，会根据具体情况来决定后续的处理方式。可能的情况包括：
终止诉讼程序：如果法院认为诉讼已无必要，可能会裁定终结诉讼，此时你需要向法院提交一份书面的申请，说明对方已经还款的情况，并请求法院撤销起诉。法院会对申请进行审核，并根据审核结果作出相应的决定。
要求提供证据：法院可能会要求你提供进一步的证据来确认还款的真实性。在这种情况下，你需要按照法院的要求及时提供证据材料。
四、处理财产保全（如有）
如果你在起诉前或起诉过程中申请了财产保全，那么在对方还款后，你需要及时向法院申请解除财产保全措施。这是为了避免对对方的合法财产造成不必要的影响。
五、关注后续事项
即使诉讼程序终止，你仍然需要关注一些后续事项。例如，确保对方还款的金额是否足额、还款方式是否符合约定等。如果存在任何争议或问题，你应当及时与法院或对方沟通解决。
六、可能的重新起诉
需要注意的是，如果对方在还款后又出现不履行还款义务的情况，你可能需要重新起诉来维护自己的权益。因此，在撤诉前，请务必确保对方已经完全履行了还款义务，并且你已经保留了所有必要的证据。
综上所述，当在起诉期间对方还清了款项时，你需要保留好还款证据、及时与法院沟通、等待法院决定、处理财产保全（如有）、关注后续事项以及考虑可能的重新起诉。通过这些步骤，你可以确保自己的合法权益得到妥善处理。