首先，我们来明确一下您的问题。您提到的“借条借3万下款两万每天打卡3000”这一描述，似乎涉及到借款金额、实际下款金额以及某种形式的还款或利息支付安排。这里有几个关键点需要澄清：
借款金额与实际下款金额不符：借条上写明借3万，但实际下款只有2万，这意味着存在1万的差额。这种情况在法律上可能构成欺诈或虚假表示，除非双方有明确的约定或解释这一差额的原因。
“每天打卡3000”的含义：这一描述比较模糊，不清楚是指每天需要支付3000元作为利息、还款还是其他费用。如果是作为利息或费用，那么这一数额显然过高，可能违反了法律对于高利贷或不合理费用的限制。
现在，针对您的问题，我给出以下分析：
从合法性角度：如果“每天打卡3000”是利息或费用，并且这一数额导致年利率超过了法律规定的上限（通常是银行同类贷款利率的4倍或更高，但具体数额可能因地区和时间而异），那么这种安排就是不合法的。此外，借款金额与实际下款金额不符也可能构成法律问题。
从合理性角度：即使这种安排没有违反法律，从经济角度来看也是不合理的。高额的利息或费用会增加借款人的负担，甚至可能导致借款人无法按时还款，从而引发更多的法律纠纷。
因此，我的建议是：
核实借款协议：仔细查看借款协议中的条款，确保自己清楚了解每一项费用的含义和数额。
咨询专业人士：如果您对借款协议中的任何条款有疑问或不确定，建议咨询专业的法律顾问（比如我可以为您提供帮助），以确保自己的权益不受损害。
考虑法律后果：如果您已经签订了这样的协议，并且认为其中的条款可能不合法或不合理，请尽快咨询律师，了解可能的法律后果和应对措施。
总之，这种情况下的借款安排显然存在多个问题，建议您谨慎处理，并尽快寻求专业法律帮助。