毕业去向登记确认签就业协议在网上签约平台上进行是有效的。根据教育部的公告，为优化高校毕业生求职就业服务流程，方便用人单位与毕业生网上签约，教育部已开通全国高校毕业生毕业去向登记与网上签约平台。这一平台旨在减少邮寄、盖章等环节，有效缩短办理时间，并提高签约效率。

关于电子就业协议书的效力，公告明确指出，网上签约电子就业协议书与纸质三方协议书具有相同的效力。这意味着，通过网上签约平台签订的就业协议同样具备法律约束力，能够保障毕业生和用人单位的合法权益。

因此，如果你正在面临毕业去向的登记和就业协议的签订，可以放心地选择使用全国高校毕业生网上签约平台进行。这一平台不仅便捷高效，而且安全可靠，能够为你提供全方位的就业服务保障。当然，在使用过程中如有任何疑问或需要帮助，也可以随时联系平台客服或相关负责人员进行咨询和解答。