当公司的员工被取保候审时，这意味着该员工可能涉嫌违法犯罪，但案件仍处于办理阶段，尚未有最终定论。针对这种情况，公司可以采取以下步骤来妥善处理：

一、了解案件情况

首先，公司应尽可能了解案件的详情，包括员工涉嫌的罪名、案件进展以及可能的法律后果。这有助于公司更全面地评估该事件对公司的影响，并作出相应的决策。

二、合理安排工作

在取保候审期间，公司应根据员工的职责能力和案件的具体情况，合理安排其工作。如果员工的工作性质与案件无直接关联，且其能够继续履行工作职责，那么可以保持其原有的工作安排，以确保公司的业务正常开展。如果员工的工作性质与案件有较大关联，或者其无法全身心投入工作，公司可以考虑调整其工作岗位或安排其暂时休假。

三、加强内部沟通

对于员工被取保候审的情况，公司应加强内部沟通，确保相关信息在必要范围内得到及时、准确的传递。同时，公司应关注员工的心理状态，给予必要的关心和支持，帮助其度过这段困难时期。

四、依法依规处理

如果员工最终被定罪，公司应根据法律法规和公司规定，结合罪行与工作的关联度、员工在案件中的地位作用等因素，来决定是否处理员工，如解除合同。在处理过程中，公司应确保处理的合法性和合理性，维护各方的合法权益。

五、总结与反思

事件处理后，公司应对整个事件进行总结与反思。分析公司在员工管理、风险防范等方面是否存在不足，以便及时改进和完善相关制度，避免类似事件再次发生。

综上所述，当公司员工被取保候审时，公司应冷静应对，依法依规处理，并加强内部沟通与员工关怀。同时，公司也应从事件中吸取教训，不断完善自身的管理制度和风险防范机制。