针对您提出的“虚开棉种发票怎么处罚商家”的问题，以下是根据相关法律法规提供的详细解答：

虚开棉种发票，作为虚开发票的一种具体行为，其处罚主要依据《刑法》中关于虚开发票的相关规定。根据这些规定，对于涉嫌虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票（包括棉种发票）的行为，将依据情节的严重程度进行不同的处罚。

1. 基本处罚：

   • 对于虚开发票的行为，可判处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下的罚金。

2. 税款金额较大或有其他严重情节：

   • 若虚开的税款金额较大或存在其他严重情节（如多次虚开、虚开金额巨大等），将面临三年以上十年以下有期徒刑的惩罚，并需缴纳五万元以上五十万元以下的罚金。

3. 税款金额巨大或有其他特别严重情节：

   • 若虚开的税款金额巨大或存在其他特别严重情节（如造成国家税收严重损失、影响恶劣等），则可能被判处十年以上有期徒刑甚至无期徒刑，同时还需缴纳五万元以上五十万元以下的罚金或者没收全部财产。

此外，如果是单位犯下此类罪行，不仅会对单位判处罚金，还会对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行相应的刑事处罚。

综上所述，虚开棉种发票的商家将面临严厉的法律制裁，包括有期徒刑、拘役、罚金以及可能的财产没收等。因此，建议商家务必遵守相关法律法规，诚信经营，避免触碰法律红线。同时，消费者也应提高警惕，对于发现的虚开发票行为，应及时向相关部门举报，以维护市场秩序和自身权益。