对于六轴车超载两吨的处罚，首先需要明确的是，六轴车的载重限制通常是不能超过49吨。根据相关规定，如果超重不到10%，通常不会受到处罚，只会进行警告教育。

然而，如果六轴车超载超过了这一限度，但超限百分率大于等于5且小于等于20，这被视为较轻超限。在这种情况下，执法人员将对车辆进行登记，并要求当事人自行卸货分载，同时需要按标准缴纳公路补偿费。

对于更严重的超载情况，比如超限率超过了某个更高的阈值（如案例中的48.36%），那么处罚将会更加严厉。具体来说，根据《湖南省治理货物运输车辆超限超载条例》及相关的行政处罚自由裁量权基准，如果车货总质量超过最高限值百分之十以上百分之五十以下，属于较重的情况，应当对超过车货总质量最高限值部分，处每吨一定数额（如三百元）的罚款。并且，执法部门还会责令立即改正违法行为。

综上所述，六轴车超载两吨的处罚具体取决于超载的严重程度。如果是轻微超重，可能只会受到警告；如果是较重或严重超重，则可能面临罚款、卸货分载以及缴纳公路补偿费等处罚措施。因此，建议驾驶员在驾驶六轴车时严格遵守载重限制，以避免不必要的法律风险和费用支出。