六轴车超载16吨的处罚需结合超限比例及具体情节，依据《公路安全保护条例》《超限运输车辆行驶公路管理规定》等法规处理，具体如下：

1. 超限比例认定与罚款标准
   根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》，六轴货车总质量限值为49吨。若超载16吨，则实际总质量为65吨，超限比例为（65-49）/49≈32.65%，属于“超过核定载质量30%以上”的情形。

   • 罚款标准：依据《公路安全保护条例》第六十四条，超过核定载质量30%以上的，由公路管理机构处3万元以下罚款，具体金额由执法部门根据超限比例、违法情节（如是否多次违法、是否配合执法等）裁量。
     

2. 其他处罚措施

   • 卸载超限货物：执法部门可要求驾驶人当场卸载超载部分货物，消除违法状态。
     
   • 暂扣车辆：若驾驶人拒绝卸载或存在其他严重情节（如冲卡、暴力抗法），执法部门可暂扣车辆，直至违法状态消除。
     
   • 驾驶证扣分：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶货车载物超过核定载质量30%以上的，一次记6分。
     

3. 特殊情形说明

   • “一超四罚”制度：若超载行为涉及货运源头单位（如装货场、物流企业），交通管理部门可对源头单位处罚款，并责令整改；同时对货运经营者、驾驶人、运输企业进行处罚，形成全链条监管。
     
   • 跨省运输处罚：若超载车辆跨省行驶，处罚标准按行驶地省份规定执行，但不得低于国家最低标准。
     

建议：超载行为不仅面临行政处罚，还可能因车辆制动性能下降引发交通事故，需承担民事赔偿责任甚至刑事责任。若已发生超载，建议立即卸载超限货物，配合执法部门处理，并加强后续运输合规管理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。