关于虚开增值税专用发票罪中未实际抵扣的金额如何处理，这是一个涉及刑法适用和税收征管秩序的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：
一、罪名定义与内涵
虚开增值税专用发票罪，依据《中华人民共和国刑法》第二百零五条及相关司法解释，是指实施了为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票行为之一，且这些行为违反了税收规范，致使国家税收遭受损失。此罪侵犯的客体是国家对增值税专用发票的管理制度和国家税收征管秩序。
二、犯罪数额的计算
虚开税额数额：根据2024年3月18日两高联合发布的《关于办理危害税收征管刑事案件适用法律若干问题的解释》，虚开增值税专用发票罪的入罪标准是虚开税款数额10万以上。这意味着，只要虚开的税额达到这一数额，无论是否实际抵扣，都可能构成犯罪。
实际抵扣的税款数额：虽然虚开税额数额是定罪的标准，但量刑时可能会考虑实际抵扣的税款数额。这是因为，虚开增值税专用发票既需要侵害国家的税收征管秩序，又需要满足对国家应收税款造成了现实的危险。如果虚开的发票没有实际抵扣，即没有造成国家税款的直接损失，那么在量刑时可能会予以考虑，避免重复评价。
不以骗税为目的的虚开：根据司法解释，如果虚开增值税专用发票的行为不是以骗税为目的，且没有因抵扣造成国家税款损失，那么不以虚开增值税专用发票罪论处。这进一步强调了实际抵扣在量刑中的重要性。
三、法律后果
根据《中华人民共和国刑法》的规定，虚开增值税专用发票罪的刑罚包括有期徒刑、拘役、罚金等，具体量刑根据虚开的税款数额和情节严重程度而定。对于单位犯罪，还会对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。
四、结论
综上所述，虚开增值税专用发票罪中未实际抵扣的金额在定罪时主要依据虚开的税额数额来判断，但在量刑时可能会考虑实际抵扣的税款数额以及行为人的主观目的和情节严重程度。因此，在处理此类案件时，应综合考虑各种因素，确保刑罚的公正性和合理性。同时，也提醒广大企业和个人要严格遵守税收法规，诚信经营，避免触碰法律红线。