事业单位虚开发票套5000元，将会面临相应的纪律处分。具体来说：

1. 纪律处分依据：

   • 根据相关法律法规及党内纪律规定，虚开发票属于违反财经纪律的行为。
   • 对于事业单位工作人员而言，这种行为不仅违反了职业道德，还可能触犯法律。

2. 可能面临的处分：

   • 警告：作为最轻的处分，警告旨在提醒工作人员注意自己的行为，并防止类似行为再次发生。
   • 记过：对于情节较为严重的虚开发票行为，可能会给予记过处分，以示惩戒。
   • 记大过：如果虚开发票的金额较大或情节特别严重，可能会给予记大过处分。
   • 降级或撤职：对于造成严重后果或影响恶劣的虚开发票行为，可能会采取降级或撤职等更严厉的处分措施。
   • 开除：在极少数情况下，如果虚开发票行为构成犯罪或严重损害公共利益，可能会给予开除处分。

3. 实际案例：

   • 在实际案例中，事业单位工作人员因虚开发票套取公款而被查处的案例并不罕见。这些案例通常涉及金额不大，但性质恶劣，严重损害了事业单位的声誉和公信力。
   • 一旦被发现虚开发票，相关人员不仅会面临纪律处分，还可能被追究法律责任，包括但不限于罚款、拘役等。

4. 建议与预防：

   • 事业单位应加强财务管理和内部控制，建立健全的发票管理制度，确保发票的真实性和合法性。
   • 工作人员应提高法律意识，严格遵守财经纪律和职业道德规范，不得为了一己私利而虚开发票。
   • 对于发现的虚开发票行为，应及时向有关部门举报，以维护公共利益和事业单位的声誉。

综上所述，事业单位虚开发票套5000元将会面临相应的纪律处分，并可能承担法律责任。因此，建议事业单位加强财务管理和内部控制，工作人员也应提高法律意识并严格遵守相关规定。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。