可以，但具体要看租赁合同中是否有相关约定以及当地工商行政管理部门的规定。

1. 合同约定：首先，你需要仔细查看租赁合同中是否有关于房屋使用用途的明确约定。如果合同中明确规定了你租赁的三层楼中的某一层可以用于商业经营，并且没有违反其他相关条款，那么你是可以用这一层来办理营业执照的。但如果合同中有限制或禁止某些用途的条款，你就需要遵守这些约定。
2. 行政规定：其次，你还需要了解当地工商行政管理部门对于营业执照办理的具体规定。不同地区可能有不同的政策要求，比如对于商业经营场所的面积、位置、设施等都有可能有具体规定。因此，在决定用其中一层楼办营业执照之前，建议你先咨询当地工商部门，了解清楚相关政策和流程。

综上所述，租赁合同中有三层楼，用其中一层来办营业执照在理论上是可行的，但具体还需要根据租赁合同的约定以及当地工商行政管理部门的规定来确定。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。