《无证无照经营查处办法》与《中华人民共和国市场主体登记管理条例》在处理无照经营行为方面确实存在一定的重合，但两者也有明显的区别和各自的适用范围。以下是对这两个法规的详细对比和解释：
一、《无证无照经营查处办法》
主要目的与意义：该办法的主要目的在于明确各相关部门的职责分工，对于无证无照经营行为进行查处，并规定了相应的法律责任。它更多地是作为一个综合性的管理办法，对无证无照经营行为进行了全面的规范。
适用范围：该办法适用于所有无证无照的经营行为，无论这些行为是否涉及许可证。然而，在新法《市场主体登记管理条例》施行后，其对于不涉及许可的无照经营查处的地位有所调整。
特别条款：如第十四条关于为无照经营提供条件者的处罚规定，仍具有法律效力，并在实际执法中被应用。
二、《中华人民共和国市场主体登记管理条例》
主要目的与意义：该条例的制定旨在规范市场主体的登记管理，保护市场主体的合法权益，维护市场秩序。它对于市场主体的设立、变更、注销等登记行为进行了详细的规定，并明确了相应的法律责任。
适用范围：根据条例的规定，它主要适用于不涉及许可证的一般经营活动的无照经营查处。对于涉及后置许可事项的无证无照经营活动，条例也要求责令其办理营业执照，并履行相应的告知义务。
与《无证无照经营查处办法》的关系：在处理无照经营行为时，如条例与办法存在重合，应优先适用《市场主体登记管理条例》的规定。这主要是因为条例为新法，且体现了宽严相济的处罚原则，对于轻者不再并处罚款，对于重者处罚金额更高，更便于执法。
特别规定：如条例第五十二条所述，对于法律、行政法规对市场主体登记管理违法行为处罚另有规定的，从其规定。这意味着在特定情况下，如符合特殊条件，可能需要优先适用其他相关法律法规的规定。
综上所述，《无证无照经营查处办法》与《中华人民共和国市场主体登记管理条例》在处理无照经营行为方面各有侧重。在实际执法中，应根据具体情况选择适用的法规，并确保执法的公正性和合理性。