关于《中华人民共和国市场主体登记管理条例》与《无证无照经营查处办法》的效力级别及适用问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，从效力级别上来看，《中华人民共和国市场主体登记管理条例》作为行政法规，其效力级别高于作为部门规章的《无证无照经营查处办法》。在法律适用上，当两者存在冲突或重合时，通常应优先适用效力级别更高的法规，即《中华人民共和国市场主体登记管理条例》。

接下来，我们具体分析两者在无照经营查处方面的适用情况：

1. 不涉及许可的无照经营查处：

   • 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第四十三条，未经设立登记从事经营活动的，由登记机关责令改正，没收违法所得；拒不改正的，处1万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，依法责令关闭停业，并处10万元以上50万元以下的罚款。
   • 在此情况下，应优先适用《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的规定进行查处，因为它为新法且体现了宽严相济的处罚原则。

2. 涉及后置许可事项的无证无照经营活动：

   • 对于这类活动，应当责令其办理营业执照，并履行双告知义务（即告知市场主体和许可部门）。
   • 在检查中若发现存在无证经营的情形，应及时抄告许可部门处理。此时，虽然《无证无照经营查处办法》也涉及此类情形的处理，但主要意义在于明确职责分工，而具体的查处措施仍应依据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关许可法规进行。

3. 特殊情形的处理：

   • 如果无照经营行为同时违反了其他特殊法律法规（如《公司法》《合伙企业法》等），且这些法律法规对无照经营有明确规定的，应按照上位法优先的原则，优先适用相关法律法规的规定进行查处。
   • 例如，未依法登记为有限责任公司而冒用有限公司名义的，应按《公司法》第二百一十条进行查处。

4. 《无证无照经营查处办法》的剩余适用范围：

   • 尽管《中华人民共和国市场主体登记管理条例》在无照经营查处方面发挥了主要作用，但《无证无照经营查处办法》仍有其剩余适用范围。
   • 例如，《办法》第十四条关于明知属于无照经营而为经营者提供经营场所等条件的处罚规定，仍然可以使用。

综上所述，在处理无照经营违法行为时，应优先适用《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的规定；对于涉及后置许可事项的无证无照经营活动，应责令办理营业执照并抄告许可部门；对于特殊情形的处理，应遵循上位法优先的原则；同时，《无证无照经营查处办法》在明确职责分工和特定情形下仍有其适用价值。希望这些解答能够帮助您更好地理解和应用这两部法规。