发包方代替承包方付吊车费是否合法，取决于具体的合同约定和实际情况。以下是对这一问题的详细分析：
合同约定情况：
- 如果在建设工程合同中，明确约定了发包方有权或需要代替承包方支付某些特定费用（包括吊车费），并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么发包方代替承包方付吊车费是合法的。
- 如果合同中没有明确约定发包方可以代替承包方支付吊车费，或者约定了承包方应自行承担所有相关费用，那么发包方擅自代替承包方支付可能会构成违约，除非得到了承包方的明确同意或事后追认。
实际情况考虑：
- 在某些紧急情况下，如吊车费用急需支付以确保工程进度或安全，且承包方暂时无法支付，发包方出于工程整体利益的考虑，可能会选择先行垫付。这种情况下，虽然合同中没有明确约定，但发包方的行为可能是出于善意和必要，且事后应与承包方进行结算和确认。
- 如果发包方代替承包方支付吊车费是出于不正当目的，如规避税收、转移资金等，那么这种行为可能是违法的，并可能受到相关法律法规的制裁。
综上所述，发包方代替承包方付吊车费是否合法，需要综合考虑合同约定、实际情况以及行为目的等多个因素。如果对此存在疑问或争议，建议双方及时沟通并协商解决，或者咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你在这方面有进一步的问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我提问。