不可以。旁证给两个不是共同犯罪的犯罪嫌疑人作证，应当分别制作笔录。

在刑事案件中，笔录是记录证人证言、犯罪嫌疑人供述等重要证据材料的重要方式。对于旁证而言，其提供的证言可能涉及到不同的犯罪事实、不同的犯罪嫌疑人，因此应当分别进行询问和记录，以确保证言的准确性和完整性。

如果旁证同时给两个不是共同犯罪的犯罪嫌疑人作证，且只制作一份笔录，那么可能会存在以下问题：

1. 证言混淆：旁证可能对于两个犯罪嫌疑人的行为、时间、地点等细节存在混淆，导致证言不准确。
2. 证据效力受损：一份笔录中同时记录了两个不同犯罪嫌疑人的相关情况，可能会使得该份笔录的证据效力受到质疑。
3. 不利于后续审查：在后续的案件审查过程中，如果需要对某个犯罪嫌疑人的证言进行单独审查，那么一份混合了多个犯罪嫌疑人证言的笔录将不利于审查工作的进行。

因此，为了确保证言的准确性和完整性，以及保障案件的公正审理，旁证给两个不是共同犯罪的犯罪嫌疑人作证时，应当分别制作笔录。这样不仅可以避免证言的混淆和证据效力的受损，还可以为后续的案件审查提供更为清晰、准确的证据材料。