帮公司代付房租，并且有备注，是否能要回款项，这主要取决于几个关键因素，我将为您详细解析：

一、是否存在书面协议或合同

1. 有书面协议或合同：

• 如果在代付房租之前，您与公司之间签订了明确的借款合同或垫付协议，并且协议中详细写明了垫付房租的事实以及归还的相关要求（如归还时间、金额、方式等），那么您完全有权依据这份协议要求公司归还垫付的房租款项。
• 在这种情况下，如果公司拒绝归还，您可以直接根据协议内容向法院提起诉讼，要求公司履行还款义务。

1. 没有书面协议或合同：

• 如果没有书面形式的协议，只是口头约定或者通过其他非书面形式（如电子邮件、短信等）进行了沟通，那么您需要收集其他能够证实垫付事实的证据。
• 这些证据可以包括转账记录（特别是带有备注的转账记录，它可以直接证明款项的用途和性质）、聊天记录、邮件往来等。
• 如果公司承认垫付行为并且同意归还，那么双方可以通过协商的方式解决问题。如果公司拒绝归还，您仍然可以向法院提起诉讼，但在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明垫付事实和公司的还款义务。

二、备注的重要性

• 您提到的“有备注”这一点非常重要。如果在转账时您在备注栏中明确注明了“代付房租”或类似的内容，这将为您后续主张权利提供有力的证据支持。
• 备注可以清晰地表明款项的用途和性质，避免在后续产生争议时无法证明款项的真实用途。

三、法律途径

• 如果公司拒绝归还垫付的房租款项，并且双方无法通过协商解决问题，那么您可以考虑向法院提起诉讼。
• 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明垫付事实、公司的还款义务以及您已经履行了垫付义务等关键事实。
• 法院将根据事实和法律规定作出判决，要求公司履行还款义务。

四、总结与建议

• 在帮公司代付房租之前，最好能够与公司签订书面的借款合同或垫付协议，明确双方的权利和义务。
• 如果无法签订书面协议，也要确保保留好所有与垫付行为相关的证据和记录。
• 如果公司拒绝归还垫付的房租款项，不要犹豫，及时咨询专业律师并通过法律途径来维护自己的合法权益。

综上所述，帮公司代付房租并有备注的情况下，是否能要回款项主要取决于是否存在书面协议或合同以及您能否提供充分的证据来证明垫付事实和公司的还款义务。希望这些解答能够对您有所帮助。