协商离职赔偿金可以分两笔转，但具体操作需遵循相关法律法规和双方协议。

在劳动法律关系中，离职赔偿金的支付方式和时间通常由双方协商确定，并应明确记载在离职协议或相关书面文件中。如果双方同意将离职赔偿金分两笔转账，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种支付方式就是合法的。

然而，需要注意的是，双方在协商离职赔偿金时，应确保约定内容明确、具体，避免产生歧义或后续纠纷。例如，应明确每笔转账的金额、支付时间、支付方式等关键条款，并确保这些条款符合劳动法律法规的相关规定。

此外，如果离职赔偿金涉及税务问题，双方还应咨询专业税务机构或人员，确保支付方式的合法性及税务处理的合规性。

总之，协商离职赔偿金分两笔转是可以的，但前提是双方应达成明确协议，并遵守相关法律法规和税务规定。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构进行解答和处理。