结论前置：事业单位自动离职后，军龄在一般情况下是应计算为工龄的，但存在特殊情形可能不被计入。具体是否计入需根据相关法律法规及实际情况来判断，建议咨询当地的人力资源和社会保障部门或退役军人事务部门以获取准确答复。

详细分析：

1. 军龄计算为工龄的一般原则：

   • 根据相关法律法规，如《劳动人事部保险福利局关于退伍义务兵军龄计算为工龄问题的复函》等，退伍义务兵的军龄应计算为连续工龄。这是因为军龄体现了军人在服役期间对国家的贡献，应当被认可和计入工龄。
   • 在事业单位工作的军人，其军龄同样被视为工龄的一部分，这是对其在军队服役期间所做出贡献的一种认可。

2. 特殊情况下军龄不计入工龄：

   • 如果军人在服役期间或离职时严重违反了军队纪律或法律法规，导致被开除军籍或受到其他严重处分，其军龄可能不会被计算为工龄。例如，因严重违法行为被开除军籍的军人，其军龄在后续计算工龄时通常不予认可。
   • 另外，如果军人自动离职时未按照军队或国家的相关规定办理正常的退役、转业手续，也可能影响其军龄的计算。

3. 操作建议与注意事项：

   • 对于事业单位工作人员而言，如果其军龄在计算工龄时遇到问题，应首先了解当地的具体政策规定，这可能因地区而异。
   • 如有疑问或需要争取工龄认可，建议积极与当地的人力资源和社会保障部门或退役军人事务部门联系，咨询具体政策，并按照要求提供相关材料进行申诉和认定。
   • 在处理此类问题时，也可考虑寻求专业法律顾问的帮助，以确保自身权益得到妥善维护。

综上所述，事业单位工作人员自动离职后，其军龄在一般情况下是应计算为工龄的，但需注意特殊情况下可能不被计入的情况。具体是否计入工龄，需根据相关法律法规及实际情况来判断，并建议咨询相关部门以获取准确答复。如有进一步的法律问题或需要更详细的咨询，请直接向我提问，我专注于医疗事故赔偿、工伤赔偿等领域，将竭诚为您提供法律帮助。