《中华人民共和国刑法修正案（十一）》对假药罪进行重大修改的原因主要是为了加强药品安全的刑法保护，确保刑法与行政法的有效衔接，并密织药品安全保护的刑事法网。以下是具体的原因分析：

一. 加强药品安全的刑法保护

• 鉴于药品违法犯罪形势在过去一段时间内发生了明显变化，为了更有效地打击危害药品安全的犯罪行为，刑法修正案（十一）对假药罪的认定和处罚进行了调整。

二. 确保刑法与行政法的有效衔接

• 2019年修订的《中华人民共和国药品管理法》对假药、劣药的认定作了重大调整，取消了“按假药论处”和“按劣药论处”的情形。
• 为了确保刑法与药品管理法的协调一致，刑法修正案（十一）对假药罪的认定也进行了相应调整，删除了刑法中关于“按假药论处”的表述，并明确假药、劣药的认定应按照药品管理法的规定进行。

三. 密织药品安全保护的刑事法网

• 刑法修正案（十一）扩大了假药罪的行为范围，将“药品使用单位的人员明知是假药而提供给他人使用的”行为纳入生产、销售假药罪的范围。
• 这一修改使得刑法对假药罪的规制更加严密，覆盖了从生产、销售到使用等各个环节，从而更有效地打击危害药品安全的犯罪行为。

四. 完善对危害药品安全犯罪的刑罚处罚

• 刑法修正案（十一）对生产、销售假药罪的法定刑进行了调整，根据犯罪情节的轻重设置了不同的量刑档次，并取消了生产、销售劣药罪的比例制罚金，改为抽象罚金。
• 这些修改使得对危害药品安全犯罪的刑罚处罚更加科学、合理，有利于更好地发挥刑法的震慑作用。

例如，在药品犯罪中，过去可能存在一些模糊地带，如某些药品虽然未取得批准证明文件但具有疗效，按原法律可能难以界定其性质。刑法修正案（十一）通过明确假药、劣药的认定标准，将这些药品纳入刑法规制范围，从而更有效地打击危害药品安全的犯罪行为。

综上所述，刑法修正案（十一）对假药罪进行重大修改的原因是多方面的，旨在加强药品安全的刑法保护、确保刑法与行政法的有效衔接、密织药品安全保护的刑事法网以及完善对危害药品安全犯罪的刑罚处罚。这些修改对于维护药品市场秩序、保障公众用药安全具有重要意义。