植物新品种权侵权中的商业目的认定，需结合具体行为、合同约定及法律规定进行综合判断。
一. 商业目的的认定标准
行为性质：商业目的通常指的是以营利为目标的行为。在植物新品种权侵权案件中，若行为人未经品种权人许可，以生产、繁殖或销售授权品种的繁殖材料为目的，且该行为具有营利性质，则可认定为具有商业目的。
合同约定：品种权人与被许可人或受托人之间签订的合同中，通常会明确许可的范围、地域、期限等。若行为人超出合同约定的范围或地域进行生产、繁殖或销售，且该行为具有营利性质，同样可认定为具有商业目的。
法律规定：《中华人民共和国种子法》第二十八条规定，任何单位或者个人未经植物新品种权所有人许可，不得生产、繁殖或者销售该授权品种的繁殖材料。此规定明确了未经许可的生产、繁殖或销售行为构成侵权，若这些行为具有营利性质，则显然具有商业目的。
二. 商业目的认定的具体情形
情形一：行为人直接以生产、繁殖或销售授权品种的繁殖材料为营利目的，如未经许可大量种植并销售某种授权植物的新品种。
情形二：行为人虽未直接生产、繁殖或销售授权品种的繁殖材料，但利用授权品种进行其他营利性活动，如以授权品种为母本或父本进行杂交育种，并销售杂交后的新品种。
情形三：行为人超出与品种权人约定的范围或地域进行生产、繁殖或销售，且该行为具有营利性质。如本案中，若安徽某农业科技有限公司超出合同约定的地域范围销售“Y两优808”种子，且该行为具有营利性质，则可认定为具有商业目的。
三. 本案分析
在本案中，安徽某农业科技有限公司为商业目的重复使用“Y58S”生产“Y两优808”，其行为是否构成侵害“Y58S”植物新品种权，关键在于其是否超出与安徽某水稻产业有限公司的许可范围。根据合同约定及法律规定，安徽某农业科技有限公司在江苏省使用“Y58S”繁殖材料生产“Y两优808”繁殖材料的行为没有超出许可范围，因此不构成侵权。其行为虽具有商业目的，但并未违反法律规定或合同约定。
综上所述，植物新品种权侵权中的商业目的认定需结合具体行为、合同约定及法律规定进行综合判断。在本案中，安徽某农业科技有限公司的行为虽具有商业目的，但并未构成侵权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。