对于行政处罚中涉及的违法工具，其处理方式主要依据《公安机关办理行政案件程序规定》的相关规定进行。以下是详细的处理流程：

首先，当公安机关在办理行政案件过程中，发现存在违法所得和非法财物、违禁品、管制器具等违法工具时，应当对这些物品进行详细的调查和记录。这是为了确保后续处理的准确性和合法性。

接下来，根据《公安机关办理行政案件程序规定》第一百七十二条，公安机关会根据行政案件的具体情况，对违法工具作出相应的处理决定。具体来说：

1. 追缴或收缴：对于确有违法行为的，且存在违法所得和非法财物、违禁品、管制器具的，公安机关应当予以追缴或者收缴。这是为了消除违法行为的物质基础和防止其再次用于违法活动。

2. 其他处理决定：除了追缴或收缴外，公安机关还可能根据案件的具体情况，作出其他处理决定。例如，对于违法行为涉嫌构成犯罪的，会转为刑事案件办理或者移送有权处理的主管机关、部门办理。

值得注意的是，公安机关在处理违法工具时，必须严格遵守法律法规，确保处理决定的合法性和合理性。同时，对于处理过程中涉及的证据和物品，也应当妥善保管和记录，以备后续审查和使用。

综上所述，行政处罚中对违法工具的处理方式主要是追缴或收缴，并依据《公安机关办理行政案件程序规定》进行具体操作。这一处理方式旨在消除违法行为的物质基础，维护社会秩序和公共利益。