违法工具的处理方式需根据其性质、用途及案件阶段综合判断，具体处理方式如下：

1. 侦查阶段：扣押与鉴定
   公安机关在侦查阶段会对犯罪嫌疑人使用的违法工具（如作案刀具、伪造证件设备等）依法扣押，并委托专业机构进行鉴定（如工具的关联性、功能是否符合犯罪构成要件）。例如，在诈骗案中，用于伪造文件的打印机可能被扣押并鉴定其是否专门用于犯罪活动。
   法律依据：《刑事诉讼法》第141条，侦查机关可查封、扣押与案件有关的财物。

2. 审查起诉与审判阶段：随案移送或处理建议
   案件移送检察院后，违法工具会作为证据随案移送。检察院在起诉书中会明确提出处理建议（如没收、返还或销毁）。法院在判决中会依法裁定工具的最终处理方式：

   • 没收：若工具属于犯罪专用（如毒品制造设备），法院会判决没收并上缴国库；
     
   • 返还：若工具与犯罪无关（如嫌疑人被扣押的合法手机），法院会判决返还权利人；
     
   • 销毁：对危害社会安全的工具（如爆炸物），法院可能判决销毁。
     法律依据：《刑法》第64条，违禁品和供犯罪所用的本人财物应当没收。

3. 执行阶段：具体处理措施
   判决生效后，由公安机关或法院执行处理：

   • 没收工具：上缴财政部门或依法拍卖（如车辆等可变现财物）；
     
   • 销毁工具：对危险物品（如管制刀具、毒品原料）由公安机关监督销毁；
     
   • 返还工具：通知权利人领取，并办理相关手续。
     注意：若工具涉及他人合法权利（如租赁的作案车辆），需先解决民事纠纷再处理。

4. 特殊情形：第三方合法权利的保护
   若违法工具属于第三人所有（如嫌疑人借用朋友的车辆实施犯罪），需区分情况：

   • 第三人明知：若第三人明知工具被用于犯罪仍提供，工具可能被没收；
     
   • 第三人不知情：工具应返还第三人，但第三人可能需通过民事诉讼向嫌疑人追偿损失。
     案例参考：最高法指导案例中，对不知情出租车司机被扣押的车辆，法院判决返还并赔偿停运损失。

建议：若您涉及具体案件，可提供工具类型、案件阶段等细节，我将进一步分析处理方式的合法性与合理性。