犯罪嫌疑人已死亡的情况下，作案工具通常由公安机关依法处理，具体处理方式需结合工具性质、案件情况及法律规定综合判断。以下是详细分析：

1. 作案工具的查封、扣押与证据固定
   根据《刑事诉讼法》第141条，公安机关在侦查阶段有权查封、扣押与案件有关的物品（如凶器、通讯工具等），并制作清单。即使犯罪嫌疑人死亡，若作案工具是证明犯罪事实的关键证据（如凶器上的指纹、DNA），公安机关仍需依法固定证据，确保案件程序合法性。

2. 作案工具的后续处理方式

   • 返还合法所有人：若作案工具属于他人合法财产（如借用的车辆、工具），且与犯罪行为无直接关联（如仅作为运输工具），公安机关在案件终结后应返还。
     
   • 没收或销毁：若工具专为犯罪制作（如自制枪支、毒品加工设备），或具有社会危害性（如爆炸物），公安机关会依法没收并销毁，防止再次流入社会。
     
   • 作为物证保存：部分工具可能需长期保存以备复核（如涉及重大案件的凶器），但犯罪嫌疑人死亡后，若案件已终结且无上诉，保存期限会缩短。

3. 特殊情形：犯罪嫌疑人死亡与案件终结
   根据《刑事诉讼法》第16条，犯罪嫌疑人死亡时，公安机关应撤销案件。此时，作案工具的处理需结合以下因素：

   • 工具性质：是否属于违禁品（如管制刀具、枪支）或赃物；
     
   • 案件影响：是否涉及公共安全或重大社会利益；
     
   • 利害关系人主张：如工具合法所有人提出返还请求，需核实权属并依法处理。

温馨提示：若您遇到具体案件中的作案工具处理问题，可提供更多细节（如工具类型、案件阶段），我将进一步为您分析法律风险与应对方案。