债权人跟债务人协议还款后撤诉，法院的判决书并不会因此无效。下面我来详细解释一下：

首先，我们要明确一点，债权人撤诉是指债权人在诉讼过程中，主动向法院提出撤回对债务人的起诉。而法院的判决书，一旦作出并生效，就具有法律效力，必须履行。

现在，我们分两种情况来讨论：

1. 如果判决书已经作出并生效：

   • 在这种情况下，即使债权人撤诉，判决书依然有效。债务人必须按照判决书的内容来履行还款义务。如果拒绝履行，债权人可以申请法院强制执行。

2. 如果判决书尚未作出：

   • 债权人撤诉后，法院将不再对案件进行审理，因此也就不会作出判决书。此时，债权人和债务人之间的债权债务关系，就依赖于他们之前达成的还款协议来约束。

另外，值得注意的是，债权人和债务人之间达成的还款协议，本身也是具有法律效力的。如果债务人违反协议，债权人仍然可以依据协议向法院提起诉讼，要求债务人履行还款义务。

综上所述，债权人跟债务人协议还款后撤诉，并不会导致法院的判决书无效。如果判决书已经生效，债务人必须履行；如果判决书尚未作出，则依赖于还款协议来约束。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。