设施农业用地备案的法律依据主要来源于自然资源部与农业农村部联合发布的相关通知。以下是关于设施农业用地备案法律依据的详细解答：
一、主要法律依据
- 《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》：
- 该通知明确了设施农业用地的定义，包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地，并详细列举了作物种植设施用地和畜禽水产养殖设施用地的具体范围。
- 通知指出，设施农业属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需落实占补平衡。对于种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；若破坏耕地耕作层，但难以避让永久基本农田的，允许使用但必须补划。养殖设施原则上不得使用永久基本农田，但涉及少量确实难以避让的，也允许使用并必须补划。
- 关于备案流程，通知规定设施农业用地由农村集体经济组织或经营者向乡镇政府备案，乡镇政府定期汇总情况后汇交至县级自然资源主管部门。
二、地方实施细则
- 各地可能会根据自然资源部和农业农村部的通知，结合本地实际情况，制定具体的实施办法。例如，玉林市自然资源局、农业农村局联合印发的《关于做好我市设施农业用地管理有关工作的通知》，就对设施农业用地的范围、选址、使用、监管等方面作出了具体规定，并明确了备案流程和相关手续。
三、备案流程与要求
- 一般来说，设施农业用地备案需要填写申报表、拟定建设方案、签订用地协议等环节。
- 农业生产经营者需与农村集体经济组织签订协议后，报乡镇（街道）备案，并按要求上图入库。
- 涉及占用一般耕地、林地等的，用地主体应在申报备案前先行办理相关手续，如提供县级人民政府出具的落实耕地占补平衡意见、林业部门同意使用材料等。
四、监管与执法
- 设施农业用地纳入日常执法巡查范围，对不符合规定的建设和用地行为，相关部门将做到早发现、早制止、早报告、早查处，以确保农地农用和设施农业的健康发展。
综上所述，设施农业用地备案的法律依据主要来源于自然资源部与农业农村部的联合通知，以及各地根据通知制定的具体实施办法。在进行设施农业用地备案时，应严格按照相关规定和流程办理，并接受相关部门的监管与执法。