针对您提出的“旷工后第三天能否补办离职证明”的问题，首先我们需要明确几个关键点，并结合相关法律规定来给出详细的解答。

一、旷工与劳动关系解除

1. 公司规章制度与法律规定：
   • 公司是否有明确的规章制度规定旷工三天即自动解除劳动关系？
   • 这一规定是否已向员工公示并经过员工确认？

如果公司规章制度中确实有这样的规定，并且该规定不违反法律法规（如《劳动合同法》等），那么员工旷工三天可能构成自动解除劳动关系的条件。但请注意，即使在这种情况下，公司仍需按照《劳动合同法》的规定，向员工出具解除或终止劳动合同的证明。

1. 劳动关系的实际解除：
   • 旷工行为是否确实发生？
   • 公司是否已正式通知员工解除劳动关系？

如果公司未能证明员工确实旷工，或者未按照法定程序通知员工解除劳动关系，那么劳动关系的解除可能不成立。

二、离职证明的开具

1. 法律规定：
   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或者终止劳动合同时，必须出具解除或者终止劳动合同的证明。

因此，无论员工是否旷工，只要劳动关系被解除或终止，公司都有义务向员工出具离职证明。

1. 实际操作：
   • 如果公司已经解除了与您的劳动关系，并且您确实需要离职证明，您应该与公司的人力资源部门或相关负责人联系，要求开具离职证明。
   • 如果公司拒绝开具，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益，比如申请劳动仲裁。

三、建议与注意事项

1. 与公司协商：

   • 在采取任何法律行动之前，建议您首先与公司进行协商，尝试通过友好方式解决问题。

2. 保留证据：

   • 无论您是否打算申请劳动仲裁，都应该保留好所有与劳动关系解除和离职证明相关的证据，比如公司发出的解除劳动关系通知、您与公司之间的通信记录等。

3. 了解法律程序：

   • 如果您决定申请劳动仲裁，建议您提前了解相关的法律程序和所需材料，以便能够顺利地进行申请。

综上所述，即使您旷工了，只要劳动关系被解除或终止，公司都有义务向您出具离职证明。如果公司拒绝开具，您可以通过法律途径来维护自己的权益。同时，建议您在与公司协商和申请劳动仲裁之前，保留好所有相关证据，并了解清楚相关的法律程序和规定。