针对您提出的“交通肇事罪案件中责任认定不具有合法性如何处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，如果当事人认为交通事故责任认定书不合法，可以在收到认定书后的三日内，向出具认定书的上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。在复核申请中，需要明确载明复核请求、理由以及主要证据，以支持您的观点。请注意，同一事故的复核机会通常只有一次，因此请务必在申请前充分准备。

在提交复核申请时，应着重指出认定书存在的不合法之处，例如事实认定错误、适用法律不当等。上一级公安机关交通管理部门在收到复核申请后，会依法进行审查，并作出是否维持、变更或撤销原认定书的决定。

如果经过复核后，当事人仍然对结果不满意，那么在进行后续的民事诉讼过程中，可以通过举证等方式，让法院对责任认定进行审查和改正。法院会根据双方提供的证据以及相关的法律规定，重新对责任进行认定。

此外，当事人还可以考虑向有关的监察部门反映责任认定书不合法的状况，请求他们进行调查处理。这是一种额外的监督途径，有助于维护当事人的合法权益。

总之，面对交通事故责任认定书不合法的情况，当事人应及时采取合法的途径进行维权。通过提出复核申请、参与民事诉讼以及向监察部门反映等方式，可以有效地维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。