关于公安机关办理行政案件程序中发还物品的法条，主要依据的是《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，而非《公安机关办理行政案件程序规定》的第二百五十九条。下面我将详细解释相关法条内容：

核心结论：公安机关在办理行政案件时，对于扣押的物品，若经查明与案件无关或属于他人合法财产，应当及时退还或登记后立即退还。

法条依据与解释：

1. 《中华人民共和国治安管理处罚法》第八十九条：
   • 扣押与登记：公安机关办理治安案件，对与案件有关的需要作为证据的物品，可以扣押；对被侵害人或者善意第三人合法占有的财产，不得扣押，应当予以登记。
   • 物品处理：对扣押的物品，应当妥善保管，不得挪作他用。经查明与案件无关的，应当及时退还；经核实属于他人合法财产的，应当登记后立即退还。满六个月无人对该财产主张权利或者无法查清权利人的，应当公开拍卖或者按照国家有关规定处理，所得款项上缴国库。

这一法条明确规定了公安机关在扣押物品后的处理流程，特别是关于发还物品的条件和时限。

注意事项：

• 在实践中，若公安机关扣押了与案件无关的物品或属于他人合法财产的物品，应当及时退还，以保障当事人的合法权益。
• 若当事人对公安机关的扣押或发还决定有异议，可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径进行维权。

综上所述，公安机关在办理行政案件时，对于扣押的物品应严格按照《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定进行处理，确保当事人的合法权益得到保障。若你有进一步的法律问题或需要更详细的解释，请直接向我咨询。