在建设工程领域，关于承包工程后应与谁签订协议的问题，通常取决于具体的招投标情况和合同约定。以下是我对此问题的详细分析：

结论前置

一般而言，承包工程后，应与业主（即招标方）签订协议，而非中标单位。中标单位通常是指在招投标过程中获胜，获得承包工程资格的单位，而业主则是提出建设需求，进行招标的一方。

详细分析

1. 合同关系的建立：

   • 在建设工程招投标过程中，业主会发布招标公告，明确工程的建设要求、招标条件等。
   • 承包单位（即投标方）会根据招标公告提交投标文件，参与竞标。
   • 经过评标、定标等程序，最终确定中标单位。
   • 中标后，中标单位应与业主签订正式的承包合同，明确双方的权利和义务。

2. 中标后的合同主体：

   • 中标单位作为承包方，是合同的主体之一。
   • 业主作为发包方，同样是合同的主体。
   • 因此，承包工程后的协议应由中标单位（承包方）与业主（发包方）共同签订。

3. 特殊情况的处理：

   • 如果中标单位因故无法履行合同，可能需要与业主协商解除合同或进行合同变更。
   • 在某些情况下，中标单位可能会委托其下属分公司或关联公司以其名义签订合同，但这并不改变合同主体的本质，即仍应由中标单位（或其合法代表）与业主签订合同。

4. 法律法规的约束：

   • 根据相关法律法规，中标人应当按照合同约定履行义务，完成中标项目。
   • 中标人不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。
   • 这些规定进一步强调了中标单位与业主之间合同关系的重要性。

综上所述，承包工程后，应与业主签订协议，以明确双方的权利和义务，确保工程的顺利进行。如果在此过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。