在双方事故中，即使责任同等且对方为非机动车，也不能让保险公司负责机动车的全部车损。

首先，我们要明确事故责任划分的原则。在交通事故中，责任的划分是根据事故双方的过错程度来确定的。如果双方被认定为同等责任，那么意味着双方都有过错，且过错程度相当。

接下来，我们分析保险公司的赔付原则。保险公司根据保险合同的约定，对被保险人因交通事故造成的损失进行赔付。赔付的金额和范围通常受到保险合同的限制，并且与事故责任划分密切相关。

现在，结合您的情况，即使对方为非机动车，但由于双方被认定为同等责任，保险公司只会根据保险合同的约定，按照责任比例对机动车的车损进行赔付。也就是说，保险公司不会承担机动车的全部车损，而是只会承担其应承担的责任比例部分。

此外，还需要注意的是，具体的赔付金额和范围还可能受到其他因素的影响，比如保险合同的条款、免赔额、赔付限额等。

因此，在双方事故同等责任且对方为非机动车的情况下，不能让保险公司负责机动车的全部车损。如果您对保险公司的赔付有异议，可以与我进一步沟通，或者通过法律途径维护您的合法权益。