针对您提出的“虚开4000元专用发票怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规提供的详细解答：

首先，虚开专用发票是一种违法行为，根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对于虚开发票的行为，将依据虚开金额的大小进行不同程度的处罚。

一、处罚规定

1. 虚开发票金额在5000元以下：
   • 没收违法所得；
   • 可并处2万元以下罚款。

由于您提到的虚开金额为4000元，属于这一档次，因此可能面临的处罚是没收违法所得，并可能被处以2万元以下的罚款。

二、处理流程

1. 调查与取证：

   • 税务机关将对虚开发票的行为进行调查，收集相关证据，包括发票、账簿、交易记录等。
   • 可能会要求相关当事人提供情况说明或接受询问。

2. 行政处罚：

   • 根据调查结果，税务机关将依法作出行政处罚决定，包括没收违法所得和罚款。
   • 处罚决定书将明确载明处罚的事实、理由、依据以及罚款金额等。

3. 执行与履行：

   • 当事人需要在规定的期限内履行行政处罚决定，即缴纳罚款和上交违法所得。
   • 如果逾期不履行，税务机关有权采取多种强制措施，如每日按罚款数额的百分之三加处罚款，或者申请人民法院强制执行。

三、其他注意事项

1. 法律责任：

   • 如果虚开发票的行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
   • 税务机关对涉嫌犯罪的违法案件，应当依法移送司法机关处理。

2. 合规建议：

   • 建议企业或个人严格遵守税收法律法规，确保发票的真实性和合法性。
   • 加强内部控制和财务管理，防止虚开发票等违法行为的发生。

综上所述，虚开4000元专用发票将面临没收违法所得和可能高达2万元的罚款。同时，税务机关将依法进行调查和处理，当事人需要积极配合并履行行政处罚决定。如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。因此，建议企业和个人务必遵守相关法律法规，确保税务合规。