法院未通过评估程序得出房屋增值损失，这一做法在合法性上可能存在瑕疵。
首先，我们需要明确，房屋增值损失的确定通常依赖于专业的评估程序。评估程序能够科学、公正地反映房屋的实际价值及其增值情况，为法院提供准确的裁判依据。因此，在涉及房屋增值损失的案件中，法院应当遵循法定程序，委托具有相应资质的评估机构进行评估。
然而，如果法院在未经过评估程序的情况下直接得出房屋增值损失，这可能会引发以下问题：
缺乏公正性：没有评估程序的参与，房屋增值损失的确定可能缺乏客观性和公正性，难以让当事人信服。
法律依据不足：法院在裁判时应当依据事实和法律。未经评估程序得出的房屋增值损失，可能在法律依据上显得不足，影响裁判的权威性和可执行性。
可能损害当事人权益：如果房屋增值损失被低估或高估，都可能对当事人的合法权益造成损害。特别是在涉及遗产继承、房产纠纷等敏感领域，这种损害可能更加严重。
因此，从专业性和合法性的角度来看，法院应当通过评估程序来确定房屋增值损失。如果法院未遵循这一程序，当事人可以依法提出异议，要求法院进行补正或者重新评估。
综上所述，法院未通过评估程序得出房屋增值损失，在合法性上可能存在瑕疵。当事人应当密切关注案件的进展，并在必要时依法维护自己的合法权益。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。