非法转包工程一般不直接由公安机关进行处罚，而是由住房城乡建设主管部门等行政机关进行行政处罚。但在某些情况下，如果非法转包行为涉嫌刑事犯罪，如合同诈骗、行贿受贿、恶意拖欠农民工工资等，那么公安机关将依法介入并进行处罚。
具体来说：
行政处罚：
- 非法转包工程属于《建筑法》《建设工程质量管理条例》等法律法规明确禁止的违法行为。
- 住房城乡建设主管部门是负责建设工程领域监管的主要部门，有权对违法转包行为进行查处。
- 处罚措施可能包括责令改正、没收违法所得、罚款、责令停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等。
可能涉及的刑事责任：
- 如果非法转包行为导致重大责任事故，如违反安全管理规定、强令他人违章冒险作业，造成重大伤亡事故或严重后果，可能触犯重大责任事故罪。
- 如果因非法转包降低工程质量标准，造成重大安全事故，也可能涉嫌工程重大安全事故罪。
- 此外，如果非法转包人恶意拖欠农民工工资等劳动报酬，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，还可能构成拒不支付劳动报酬罪。
因此，非法转包工程的行为人不仅可能面临严厉的行政处罚，还可能因触犯刑法而承担刑事责任。建议所有建筑工程承包单位严格遵守相关法律法规，杜绝非法转包行为的发生，以确保工程质量和施工安全，维护自身及他人的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。