处理违法占地上的建筑物，并非一定优先整改，而是需要根据具体情况，依法依规进行处理。以下是对这一问题的详细分析：

1. 违法占地的性质与后果：

   • 违法占地，即未经合法批准或超出批准范围占用土地的行为，违反了土地管理法律法规。
   • 违法占地的后果可能包括行政处罚（如罚款、责令退还土地等）、刑事责任（如构成犯罪时面临的刑罚）以及民事赔偿责任（如赔偿土地权利人损失）等。

2. 建筑物的处理原则：

   • 对于违法占地上的建筑物，其处理并非简单地以“整改”为优先。而是需要综合考虑建筑物的性质、用途、对规划的影响以及社会公共利益等因素。
   • 如果建筑物符合规划要求，且可以通过补办相关手续使其合法化，那么可能会采取补办手续、缴纳相关费用等方式进行处理。
   • 如果建筑物不符合规划要求，或者存在严重的安全隐患、影响环境等，那么可能会面临拆除、没收等处理措施。

3. 整改的适用情况：

   • 整改通常适用于那些可以通过修改、调整等方式使其符合法律法规要求的建筑物。
   • 在某些情况下，如果建筑物只是轻微违法，且整改不会对规划、环境等造成重大影响，那么可能会优先考虑整改。

4. 法律程序与救济途径：

   • 对于违法占地及其上的建筑物的处理，必须遵循法定的程序，包括调查、取证、听证、决定等。
   • 当事人对处理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，处理违法占地上的建筑物并非简单地以“整改”为优先，而是需要根据具体情况进行综合考虑和依法处理。如果你面临这样的问题，建议咨询当地自然资源主管部门或专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。