违法占地已办理供地手续后的地上建筑物，其处置方式需根据具体情况分析，可能面临拆除、没收或罚款等处理。
一. 违法占地的法律后果
- 违法占地的定义：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，均属于违法占地。
- 法律后果：对于违法占地行为，土地管理部门有权责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
二. 已办理供地手续后的处理
供地手续的有效性：若违法占地后补办了供地手续，且该手续合法有效，那么地上建筑物的处置需根据供地手续的具体内容来确定。
- 若供地手续明确允许建设：则地上建筑物可能得以保留，但需按照相关规定补办相关建设手续，并可能面临罚款等处罚。
- 若供地手续未明确允许建设或存在瑕疵：则地上建筑物可能仍被视为违法建筑，面临拆除或没收的风险。
建筑物的处置方式：
- 拆除：若建筑物违反土地利用总体规划或供地手续未明确允许建设，且无法采取改正措施消除影响的，土地管理部门可能会责令拆除。
- 没收：在某些情况下，如建筑物已投入使用且拆除会对社会造成较大影响，土地管理部门可能会选择没收建筑物，并作为违法所得进行处理。
- 罚款：对于违法占地行为，无论建筑物是否得以保留，土地管理部门都有权对违法者处以罚款。
三. 实际操作中的考虑
- 政策因素：在实际操作中，地方政府的政策导向和执法力度也会影响建筑物的处置方式。例如，某些地区可能为了促进经济发展而采取相对宽松的执法政策。
- 社会影响：建筑物的拆除或没收可能会对社会造成一定影响，如影响居民生活、企业经营等。因此，在处置建筑物时，土地管理部门也会考虑社会因素，并尽量采取妥善的处理方式。
综上所述，违法占地已办理供地手续后的地上建筑物如何处置，需根据供地手续的有效性、建筑物的具体情况以及地方政府的政策导向和执法力度来综合判断。我建议您咨询当地土地管理部门或专业律师，以获取更具体的法律意见和处置方案。如有进一步需要，您可以继续咨询我。