地上建筑物存在违法情形时，土地出让的处理方式需根据违法性质、建筑物与土地权属关系及出让程序合法性综合判断，具体处理路径如下：

1. 违法建筑物与土地权属分离时的处理

若地上建筑物为违法建设（如未取得建设工程规划许可证），但土地使用权合法且符合出让条件（如已收回国有、权属清晰），处理方式如下：

• 拆除违法建筑：根据《城乡规划法》第六十四条，由城乡规划主管部门责令限期拆除；无法拆除的，没收实物或违法收入，并处罚款。土地出让前需完成拆除或没收程序，确保土地“净地”出让。
• 出让合同约束：在土地出让合同中明确约定受让人需自行承担拆除违法建筑的责任及费用，或由出让方在交付土地前完成清理，费用从出让金中扣除。
• 历史遗留问题处理：若违法建筑因历史原因形成（如早期政策宽松期建设），可依据地方性法规或政策，通过补办手续、罚款补缴等方式“合法化”后，再纳入出让范围。

2. 违法建筑物与土地权属混同时的处理

若地上建筑物违法且土地使用权亦存在瑕疵（如划拨土地未补缴出让金、集体土地违法转让等），需分步骤处理：

• 土地权属合法化：
  • 划拨土地：需依法补缴土地出让金，转为出让土地后，再处理违法建筑问题。
  • 集体土地：若涉及非法转让，需先通过行政处罚（如没收违法所得）或司法程序确认权属，再依法征收为国有土地。
• 建筑物合法性审查：在土地权属合法后，对建筑物按《城乡规划法》处理，符合补办条件的可完善手续，不符合的需拆除或没收。
• 出让程序调整：若土地权属或建筑物问题导致出让延迟，需重新评估土地市场价值，调整出让底价或出让方式（如招标、拍卖、挂牌）。

3. 出让后发现违法情形的处理

若土地已出让，但后续发现地上建筑物违法或土地权属存在瑕疵，处理方式如下：

• 合同效力审查：根据《民法典》第一百五十三条，若出让合同因违反法律强制性规定（如未“净地”出让）而无效，受让人可主张返还出让金及赔偿损失。
• 行政责任追究：对出让方（如国土部门）的违法行为，由上级机关或监察部门责令改正，对直接责任人员依法给予处分。
• 建筑物处置：由受让人承担拆除或整改责任；若受让人无过错，可依据合同约定向出让方追偿。

4. 特殊情形处理

• 政府收回土地后的出让：若土地因公共利益被收回，地上违法建筑需无偿拆除，土地出让收益优先用于补偿原权利人。
• 司法拍卖土地：若土地因执行程序被拍卖，买受人需自行承担违法建筑处置风险，法院应在拍卖公告中明确提示。

建议：土地出让前，出让方应委托专业机构进行尽职调查，确保土地及建筑物权属清晰、合法；受让人应在竞买前核实土地现状，并在合同中明确违约责任条款。若涉及复杂情形，可进一步向我咨询具体操作方案。