对于已经配合整改过的违建，其处理方式需结合违建性质、整改效果及地方性法规综合判断，具体如下：

1. 若整改后符合规划或法定标准，通常不再追究违建责任
   根据《城乡规划法》第六十四条，对“尚可采取改正措施消除对规划实施影响”的违建，限期改正后，若整改结果（如建筑结构、用途、面积等）完全符合规划要求或法定标准（如消防、环保等），行政机关一般会终止处罚程序，违建状态被“合法化”。例如：将超建部分拆除至符合规划面积，或补办建设工程规划许可证等手续后，该建筑可视为合法。

2. 若整改后仍不符合要求，可能面临进一步处罚或强制拆除
   若整改未完全消除影响（如未拆除至规划红线、未补办手续等），行政机关可依据《行政处罚法》第三十六条，继续追究违建责任，包括：

   • 罚款：按违法建设工程造价的5%-10%处以罚款（具体比例依地方规定）；
     
   • 强制拆除：若违建存在安全隐患或严重违反规划，即使部分整改，仍可能被责令限期拆除（《城乡规划法》第六十八条）；
     
   • 没收违法所得：若违建已产生收益（如出租），可能被没收违法所得。
     

3. 地方性法规可能影响最终处理结果
   部分地区对违建整改有特殊规定，例如：

   • “历史遗留问题”处理：对2008年《城乡规划法》实施前建成的违建，若整改后符合安全标准，可能仅处罚不拆除；
     
   • “分类处置”政策：如将违建分为“严重妨碍规划”和“轻微影响规划”两类，前者强制拆除，后者可补办手续或罚款后保留。
     

建议行动：

• 核实整改是否完全符合规划部门要求（如是否取得《建设工程规划验收合格证》）；
  
• 保留整改过程中的书面材料（如整改通知书、验收报告、缴费凭证等），以备后续争议；
  
• 若对处理结果有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。