在专利侵权纠纷案件办理中，若行政机关在查取证据时遇到对方不配合的情况，行政机关有权采取一系列强制措施。

一. 法律依据

• 《专利行政执法办法》第二十八条第二款规定：“管理专利工作的部门在调查收集证据时，可以查阅、复制与案件有关的合同、账册等有关文件；询问当事人和证人；采用测量、拍照、摄像等方式进行现场勘验。涉嫌侵犯制造方法专利权的，管理专利工作的部门可以要求被调查人进行现场演示。”
• 同时，该办法第三十条进一步规定：“管理专利工作的部门调查收集证据时，有关单位或者个人应当如实提供、协助；拒绝提供或者协助的，管理专利工作的部门可以请求公安机关予以协助。”

二. 具体措施

1. 要求配合：行政机关首先会要求对方配合调查，提供所需证据。
2. 强制措施：若对方拒绝配合，行政机关有权采取很多强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，以确保调查的顺利进行。
3. 请求公安机关协助：在必要时，行政机关可以请求公安机关的协助，以确保调查工作的顺利进行。

三. 实例说明

• 例如，在某专利侵权纠纷案件中，行政机关在调查时要求被调查人提供与案件相关的销售记录，但被调查人拒绝配合。此时，行政机关可以依据相关法律法规，采取强制措施，如查封被调查人的相关财产，或者请求公安机关协助调查，以确保能够获取到关键证据。

我建议：在面对行政机关的调查时，最好还是按要求提供相关证据，避免不必要的法律纠纷。同时，行政机关也应依法行事，确保调查工作的合法性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。