关于两高（最高人民法院、最高人民检察院）对于水生保护动物刑事案件适用法律的问题，我可以为你提供以下详细的解答：

核心结论：两高在处理水生保护动物刑事案件时，主要适用《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，特别是针对非法猎捕、杀害珍贵、濒危野生动物以及非法收购、运输、出售珍贵、濒危野生动物及其制品的犯罪行为。

1. 主要法律依据：

   • 《中华人民共和国刑法》第三百四十一条明确规定了非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物的，或者非法收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物及其制品的，将受到法律的制裁。这是处理此类案件的基本法律依据。

2. 相关司法解释：

   • 两高会发布相关的司法解释，对刑法中的某些条款进行具体化和明确化，以便更好地指导司法实践。这些司法解释通常会详细列出哪些水生动物属于珍贵、濒危野生动物，以及具体的量刑标准等。

3. 案件处理原则：

   • 在处理水生保护动物刑事案件时，法院会严格遵循罪刑法定原则，即只有法律明文规定为犯罪的行为，才能定罪处刑。同时，法院也会考虑犯罪行为的性质、情节、社会危害程度以及被告人的悔罪表现等因素，进行综合量刑。

4. 特殊情况的考量：

   • 对于某些特殊情况，如行为人是为了科学研究、公众教育等合法目的而捕捉、运输、收购水生保护动物的，且事先获得了相关部门的批准和许可，那么其行为可能不构成犯罪。但这需要行为人提供充分的证据来证明其行为的合法性和正当性。

综上所述，两高在处理水生保护动物刑事案件时，会严格依据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释进行裁判，确保法律的公正实施和野生动物资源的有效保护。如果你有相关法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。